http://omics.ku.ac.th/ Recent content in คู่มือการใช้ Sciku Server on Sciku @ KasetsartU Hugo -- gohugo.io en-us Tue, 16 Mar 2021 22:05:54 +0700 http://omics.ku.ac.th/Usage/01-Getting-Starts/connect/ Mon, 01 Jan 0001 00:00:00 +0000 http://omics.ku.ac.th/Usage/01-Getting-Starts/connect/ ผู้ใช้ Windows ทั่วไปให้ใช้โปรแกรม MobaXterm ในการเชื่อมต่อระบบเนื่องจากสามารถ วิธีเชื่อมต่อ Windows เปิดโปรแกรม MobaXterm แล้วเปิดเมนูไปที่ Sessions -> New session ใส่ 10.3.137.6 ในช่อง Remote host และชื่อล้อกอินในช่อง Specify username แล้วกด Ok พิมพ์รหัสผ่าน (เคอร์เซอร์จะไม่ขึ้นเพื่อเป็นการกันการแอบดูรหัส) ปล. สำหรับผู้เข้าใช้ครั้งแรกจะมีถามว่าจะให้จำตัวเครื่องหรือไม่ ให้กดตกลง Mac, Linux และ Windows 10 สามารถใช้ Terminal ที่มากับเครื่องได้ โดยปกติแล้วเรียกได้โดยการหาโปรแกรมชื่อ Terminal แล้วใช้คำสั่ง ssh ชื่อล้อกอิน@10.3.137.6 การเปลี่ยนรหัสผ่าน หลังจากการเชื่อมต่อครั้งแรกแล้วให้ใช้คำสั่ง passwd เพื่อเปลี่ยนรหัสผ่าน http://omics.ku.ac.th/Usage/09-Apps/BLAST/ Mon, 01 Jan 0001 00:00:00 +0000 http://omics.ku.ac.th/Usage/09-Apps/BLAST/ โหลดไฟล์ตัวอย่าง ในตัวอย่างนี้เราจะใช้จีโนม Limosilactobacillus reuteri เริ่มจากดาวน์โหลดโฟลเดอร์ที่จะใช้งานครั้งนี้ (01_blasttut) และแตกไฟล์ออกมา # wget http://omics.ku.ac.th/blasttut/01_blasttut.tar.gz wget https://www.dropbox.com/s/rb4urm6sbioy857/01_blasttut.tar.gz?dl=0 -O 01_blasttut.tar.gz tar -xzf 01_blasttut.tar.gz && rm 01_blasttut.tar.gz cd 01_blasttut เราสามารถตรวจสอบลักษณะของโฟลเดอร์ได้โดยใช้คำสั่ง tree tree . ├── genomes │ ├── GCA_009389105.1_ASM938910v1_genomic.fna.gz # จีโนม │ └── GCA_009389105.1_ASM938910v1_protein.faa.gz # โปรตีน ├── Makefile ├── submit.sh ├── unk.fa # DNA ที่ใช้ query └── unkp.fa # Protein ที่ใช้ query จีโนมนี้เลือกสุ่มมาจากจาก FTP ของ NCBI ขั้นตอนแรก เราจะเช็คว่าจีโนมที่ใช้งานคืออะไร module av bbmap module load bio/bbmap sendsketch.sh in=genomes/GCA_009389105. http://omics.ku.ac.th/posts/2021-03-16/ Tue, 16 Mar 2021 22:05:54 +0700 http://omics.ku.ac.th/posts/2021-03-16/ ขอเชิญชวนคณาจารย์ นักศึกษา นักวิจัย และผู้ที่มีความสนใจเข้าร่วม Workshop การใช้งานเครื่องคอมพิวเตอร์สมรรถนะสูง HPC Sciku ใน ในวันที่ 29/มีนาคม/2564 เวลา 9:00-16:00 (รายละเอียดและตารางเวลา) โดยใน Workshop จะมีการ สอนการใช้งาน Linux ขั้นพื้นฐานและการใช้งาน HPC สำหรับใช้ในงานวิจัยเบื้องต้น กำหนดจำนวนผู้เข้าร่วม 30 ท่าน ในการนี้ผู้ที่สนใจสามารถลงทะเบียนเข้าร่วมได้ที่ กดที่นี่ ปิดรับสมัคร 26/มีนาคม/2564